Los archivos de cada departamento de la Secretaría de las Naciones Unidas están organizados en una colección discreta, o "fondos". Además de estas colecciones departamentales, también hay registros del antiguo Registro Central de las Naciones Unidas:
- Archivos de registro: el primer registro de registros se creó durante el período de Londres de la Comisión Preparatoria de las Naciones Unidas (entre el 21 de noviembre de 1945 y el 31 de enero de 1946) y siguió el modelo del Ministerio de Relaciones Exteriores británico. El sistema se interrumpió en 1979, sin embargo, los fondos incluyen registros que datan de 1983. El sistema de registro fue reemplazado por el mantenimiento de registros descentralizado por los departamentos en consulta con el programa de gestión de registros de la Sección de Archivos.
- Archivos departamentales: organizados según la organización departamental de la Secretaría (desde 1946 hasta la actualidad) e incluyen los archivos de: la Oficina Ejecutiva del Secretario General, la Oficina de Asuntos Jurídicos, el Departamento de Asuntos Económicos y Sociales, la Oficina de Información Pública, el Departamento de Administración Fiduciaria y Territorios No Autónomos, el Departamento de Asuntos Políticos y del Consejo de Seguridad, y muchos otros.