Архивы каждого департамента Секретариата Организации Объединенных Наций организованы в отдельную коллекцию, или «фонды». Помимо этих ведомственных коллекций, есть также документы из бывшего Центрального реестра Организации Объединенных Наций:
- Файлы реестра: первый реестр документов был создан в период работы Подготовительной комиссии Организации Объединенных Наций в Лондоне (с 21 ноября 1945 г. по 31 января 1946 г.) по образцу Министерства иностранных дел Великобритании. Система была прекращена в 1979 году, однако фонды включают документы, датируемые до 1983 года. На смену системе реестра пришло децентрализованное ведение документации департаментами в консультации с программой Отделa по менеджменту архивов и документов.
- Архивы департаментов: организованы в соответствии с организационной структурой Секретариата (с 1946 года по настоящее время) и включают архивы: Административной канцелярии Генерального секретаря, Управления по правовым вопросам, Департамента по экономическим и социальным вопросам, Управления общественной информации, Департамент по опеке и несамоуправляющимся территориям, Департамент по политическим вопросам и делам Совета Безопасности и многие другие.