联合国秘书处每个部门的档案都被安排在一个独立的藏品中，或称 "收藏"。除了这些部门的藏品外，还有前联合国中央登记处的记录：
- 登记档案：第一个记录登记处是在联合国筹备委员会的伦敦时期（1945年11月21日至1946年1月31日之间）建立的，并以英国外交部的登记处为模式。该系统于1979年停止使用，然而，该档案馆包括截至1983年的记录。登记制度被各部门与档案科的记录管理方案协商后的分散记录所取代。
- 部门档案：按照秘书处的部门组织排列（从1946年至今），包括以下部门的档案：秘书长办公厅、法律事务厅、经济和社会事务部、新闻办公室、托管和非自治领土部、政治和安全理事会事务部，以及其他许多部门。